¿Con qué programa te visualiza dos archivos JPEG? He probado a disparar en RAW+JPEG y me salen los dos archivos con sus extensiones correctas, .cr2 y .jpg. Con el explorador de archivos de Windows no se visualiza el .cr2, pero las extensiones son correctas, con XnView salen las extensiones correctas y se visualizan ambos, con Fast Stone Image Viewer lo mismo, con Photoshop CS3 también salen correctamente, al igual que con Digital Photo Professional.
Da algún detalle más, a ver si entre todos podemos solucionar tu problema.
Saludos,
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