Eso es porque al disparar con la cámara del revés la 5D no le da la vuelta a la imagen, las manchas te saldrán abajo siempre.
Creó que no va a ser nada grave, parece sólo que se te a acumulado ahí la suciedad que tenías, al limpiar es probable que hasta esa sea la zona donde has acabado (la imagen se vería invertida, según miras el sensor las manchas están arriba)
Los palillos son una forma un poco sucia de limpiar la cámara, intenta usar palillos de bebé (están hechos para soltar menos pelusa) y pon alrededor una capa d celo apretándolo todo, pero que no pueda tocar la punta que entra en contacto con el sensor.
Usa muy muy poco alcohol.media gota, ya que en esceso puede llegar a dejar manchas, y ve haciendo pasadas de izquierda a derecha hasta terminar en una esquina, en la que es probable que quede alguna motita, la repasas y listo (ten en cuenta de nuevo que la imagen se invierte)
Y una buena pera de aire que sople con fuerza nunca esta de más!
Prueba estas cosas y mira si algo cambio, si se movieron de sitio.
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