Haz una prueba, pon otra lente, fija la exposición correcta en manual, haz un disparo con la otra lente, cambia y pon el 17-40 dispara también con este sin variar la exposición y compara ambas tomas. Si son distintas no es un problema de medición sino de cierre de diafragma al obturar. Si las tomas son idénticas pasamos a la siguiente prueba.
Coge una escena, mide con otra lente, cambia y vuelve a medir con el 17-40 si te cambia la medición es que tu cámara no se empana de que el objetivo es f/4 y calcula como para un f/2.8. Revisa los exif de tus fotos a ver que lente te marca y que apertura máxima te pone que tiene. Las cámaras hacen las mediciones con los objetivos abiertos del todo, para ello tienen que saber que apertura máxima tiene el objetivo y así poder calcular la exposición final.
Otra cosa que puede pasar es que el diafragma no esté totalmente abierto al realizar la medición, por un problema físico del propio diafragma o eléctrico. Para verificar eso pon en manual máxima apretura, cierra el diafragma un tercio de paso y mirando por el visor oprime el botón de previsualización de profundidad de campo, que está debajo del objetivo, si la cosa está bien veras como se oscurece un poco el visor al oprimirlo, si no se mueve el tema es sospechoso, aumenta un tercio de paso y repite.
¿Que versión de firmware tienes en la 5D? Sería raro porque la cámara es más nueva que el objetivo, pero bueno, no descartes un problema de firmware.
Yo tengo un 17-40 que compré para mi 10D en su momento (vamos, que es antiguo de narices) y ahora lo uso con una 6D, mi padre tiene una 5D y alguna vez se lo he prestado sin que observásemos ningún tipo de problema con ninguna de las cámaras.
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