Otra cosa que puedes tener en cuenta y por lo menos a mi me funciona relativamente bien (yo uso el programa que trae Canon para unir, no me como mucho la cabeza) es hacer mas cantidad de fotos de tal manera que haya mas cantidad de terreno a ambos lados de la foto que coincidan en la sucesivas fotos, así el programa tendrá mas espacio de terreno común para decidir por donde queda mejor la unión, esto aparte de lo que te han comentado de sacar las fotos totalmente en Manual con los mismos parámetros para todas y con un trípode a ser posible y si encima puedes poner la cámara en vertical todavía mejor.
La foto panorámica de mi firma esta tomada con este sistema y apenas se notan los empalmes.
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Pienso luego existo.

Una vista desde Ereaga (Getxo) a unos 3km de casa
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