Yo uso una de 4Gb en mi S90 y mi 450D y no he tenido problemas!, no entiendo porque pueden ser incompatibles. Eso si, no se te ocurra darle a formatear tarjeta desde la cámara o puede que ya no puedas usar la WiFi interna!
Te comento el funcionamiento, insertas la tarjeta en tu ordenador conectado por WiFi, se instala el programa EyeFi para el ordenador (que al final te lleva a su propia Web), seleccionas la WiFi a la que se va a conectar la tarjeta (puedes seleccionar varias, la de casa, la del curro...) siempre que este al alcance. Introduces la clave WEP o WPA que use esa WiFi y listo.
Ahora seleccionas los servicios donde vas a subir las fotos (Picasa, Flickr, EyeFi Gallery, etc.)
Luego solo tienes que meter la tarjeta en la cámara y hacer una foto. Dejas la cámara encendida y la foto se subirá al servicio (o servicios) que hayas seleccionado previamente.
Supongo (no lo he probado) que si formateas la tarjeta desde la cámara o el ordenador, se perderán los ficheros de configuración y no se podrá conectar a ninguna WiFi, pero a la cámara le debería dar igual el tipo o marca de tarjeta que estés usando (mientras cumpla los estándares), a fin de cuentas, en la tarjeta se crea una estructura de directorios independiente donde almacena las fotos y el resto no lo toca.
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