Creo que ya he encontrado el problema, tiene que ver con magiclantern, tengo instalado el nightly de 7 de octubre de 2014 y si en su menú activo el flash externo, en el de la cámara se desactiva, activándose después de hacer un disparo y volviendo a desactivarse y así sucesivamente. Desactivando el flash externo en el menú del magiclantern el de la cámara detecta el flash y funciona perfectamente en cada disparo, debe ser un bug de esta versión del magiclantern, probaré a actualizarlo.
Dejo aquí la explicación por si a alguien le pasa en algún momento algo parecido. Releyéndolo ha quedado un trabalenguas si os pasa y no lo entendéis lo decís.
Saludos.
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