Probablemente tengas configurada tu secuencia de tiempo en un formato diferente a tu video, por ejemplo.... es posible que la secuenia de tiempo este en DV 720x576 o en HD 720p y el video que estes bajando a la secuencia de tiempo sea fullHD, por eso se ve agrandado, asegurate que tu timeline y el video esten en el mismo formato.
Marcadores