A partir de windows 7 lo hace el sistema. Copias el nuevo sobre el viejo y cuando encuentra archivos iguales te pregunta, si quieres sobreescribir con el más nuevo, no hacer nada, o copiar con otro nombre, además te permite seleccionar una casilla para adoptar la misma decisión con todos los archivos que encuentre duplicados.
Cuidadín que alguno la tiene liado parda haciendo eso ....
Y como programa de copia de seguridad sencillo échale un veo a cobian backup, que es gratuito, puedes definir una tarea de copia que te copie sólo lo nuevo (incremental).
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