Responder CitandoJotafoto: me quito el sombrero por todo lo que estas haciendo.
Feliz.2010.
Segundo Dan
Gracias por los enlaces, son bestiales las fotos desde luego. (La envidia me corroeIniciado por cloantita
)
Bueno, eso es hacia donde vamos, me compré el microscopio porque además de tener la salida para enganchar una cámara, sólo el sistema micrométrico que trae puede costar mucho más de lo que me he gastado en el aparato entero, de manera que en el caso de que no me funcione la cosa por el lado del microscopio, siempre podré aprovechar los tres ejes para afotar con extensión directa sobra cámara. Y este sistema micrometrico es indispensable para apilar fotos, algunas fotos del enlace están hechas con más de 100 disparos. Bigdani tiene un sistema de los buenos y se ha gastado una pasta en el juego de railes, y yo creo que para sacar 100 fotos distintas en una profundidad de 1 o 2 mm no es suficiente precisión la que dispone, hace falta un tornillo que lleve dos toques y a ser posible milimetrado.
Lo de comprar un objetivo de estos que dices ya lo he hecho, no se si tu si los has probado, y se pueden conseguir por menos, 27€ me gasté en un Leith Pb1 5,6:1 puesto en casa y eso no da la calidad de un PHOTAR ni jarto vino, para hacer lo que hace este señor, que es por cierto lo que hace el que me ha vendido el PHOTAR f2, hace falta unos objetivos de microscopio, pero muy específicos, si os metéis en poco aumento si se pueden encontrar baratos, rondando los 100-200 € y si nos metemos en 20X 40X si los queréis con cierta distancia de trabajo entre 10 mm y 16 mm, (el PHOTAR trabaja a 21-17 mm) preparar de 300 € para arriba, los de 40X no bajan de 450 €. Si no son de este tipo en 40X las distancias de trabajo suelen ser de 1 mm, para trabajar a 10 mm hay que pagarlo, pues ya se han dado cuenta de que están muy solicitados por fotógrafos especializados, hace un par de años era más fácil parece ser.
Yo con el microscopio que me he comprado vienen 5 objetivos olympus 5-10-20-40-100, y aunque no los he probado (lo estoy esperando), estoy seguro que me tendré que comprar los específicos para tener espacio entre la lente y el sujeto para iluminar, porque aunque este aparato ilumina axialmente, la luz que produce es hiperfrontal porque el mismo objetivo sirve de fuente de iluminación y no modula volúmenes.
Si os metéis en ebay.es veréis que los objetivos para microscopio se venden desde 15€ hasta 4000€ he visto algunos, los baratos baratos aunque sean leith no son lo que estamos buscando. El que me ha vendido el PHOTAR me ha dicho (después de cobrar por supuesto) que para lo que el hace que es apilar fotos le da un pelín más de definición los objetivos que estoy diciendo, pero sólo sirven para sujetos muertos, para bichos vivos es mejor el PHOTAR y este es el último de los que se ha desprendido después de probar Nikon, Zeiss Luminar , canon etc y con este objetivo ha ganado concursos, de hecho me mandó una foto que no sabía lo que era hasta que he visto las del enlace que ha puesto cloantita, porque este tiene una igual de las escamas planas de una mariposa y con la misma calidad prácticamente y la hizo con el PHOTAR. Os pongo un par de enlaces para que sigáis flipando un poco con concursos de macro científico, el colega se llama David Millard y las fotos que salen primero están con el PHOTAR 25/2 que me ha vendido. Olympus BioScapes International Digital Imaging Competition | Gallery 2009 - Mr. David Millard
Nikon Small World - Gallery - Honorable Mention, 2009 - David Millard
La conclusión es que no es tan fácil como gastarse 50€ y ya está, aunque encontréis uno de los buenos de chollo,( buscar que sean planar y apo + WD(distancia de trabajo) alta) hay que hacerse con el sistema de transporte de precisión, si no como dice Charles Krebs con estas lentes una foto sóla en si no tiene más que un plano ínfimo de enfoque y quedan imágenes pobres y sin interés, esto es para hacer de 50 fotos para arriba, eso si con una calidad de flipar pues la difracción es mínima, pero con un PHOTAR trabajando en su punto dulce que es 5,6 podemos hacer un apilamiento bueno en 20X con muchas menos fotos, entre (5 y 20) que con los de microscopio. entre (50- 150).
Si os compráis un microscopio para tener el sistema de transporte preciso aseguraos que sea de doble toque, un microscopio normal tampoco vale.. Mi problema ahora va ha ser conseguir el programita para apilar. Aver si alguien sabe como conseguirlo para mac.
Saludos y feliz 2010.
Última edición por jotafoto; 25/01/10 a las 12:08:41
Si vis scire doce
Usus est magister optimus
Veo que te as puesto las pilas pero bien compadre. La pasion en todo lo que uno hace es el motor del buen trabajo, anomo.Gracias por los enlaces, son bestiales las fotos desde luego. (La envidia me corroe
Bueno, eso es hacia donde vamos, me compré el microscopio porque además de tener la salida para enganchar una cámara, sólo el sistema micrométrico que trae puede costar mucho más de lo que me he gastado en el aparato entero, de manera que en el caso de que no me funcione la cosa por el lado del microscopio, siempre podré aprovechar los tres ejes para afotar con extensión directa sobra cámara. Y este sistema micrometrico es indispensable para apilar fotos, algunas fotos del enlace están hechas con más de 100 disparos. Bigdani tiene un sistema de los buenos y se ha gastado una pasta en el juego de railes, y yo creo que para sacar 100 fotos distintas en una profundidad de 1 o 2 mm no es suficiente precisión la que dispone, hace falta un tornillo que lleve dos toques y a ser posible milimetrado.
Lo de comprar un objetivo de estos que dices ya lo he hecho, no se si tu si los has probado, y se pueden conseguir por menos, 27€ me gasté en un Leith Pb1 5,6:1 puesto en casa y eso no da la calidad de un PHOTAR ni jarto vino, para hacer lo que hace este señor, que es por cierto lo que hace el que me ha vendido el PHOTAR f2, hace falta unos objetivos de microscopio, pero muy específicos, si os metéis en poco aumento si se pueden encontrar baratos, rondando los 100-200 € y si nos metemos en 20X 40X si los queréis con cierta distancia de trabajo entre 10 mm y 16 mm, (el PHOTAR trabaja a 21-17 mm) preparar de 300 € para arriba, los de 40X no bajan de 450 €. Si no son de este tipo en 40X las distancias de trabajo suelen ser de 1 mm, para trabajar a 10 mm hay que pagarlo, pues ya se han dado cuenta de que están muy solicitados por fotógrafos especializados, hace un par de años era más fácil parece ser.
Yo con el microscopio que me he comprado vienen 5 objetivos olympus 5-10-20-40-100, y aunque no los he probado (lo estoy esperando), estoy seguro que me tendré que comprar los específicos para tener espacio entre la lente y el sujeto para iluminar, porque aunque este aparato ilumina axialmente, la luz que produce es hiperfrontal porque el mismo objetivo sirve de fuente de iluminación y no modula volúmenes.
Si os metéis en ebay.es veréis que los objetivos para microscopio se venden desde 15€ hasta 4000€ he visto algunos, los baratos baratos aunque sean leith no son lo que estamos buscando. El que me ha vendido el PHOTAR me ha dicho (después de cobrar por supuesto) que para lo que el hace que es apilar fotos le da un pelín más de definición los objetivos que estoy diciendo, pero sólo sirven para sujetos muertos, para bichos vivos es mejor el PHOTAR y este es el último de los que se ha desprendido después de probar Nikon, Zeiss Luminar , canon etc y con este objetivo ha ganado concursos, de hecho me mandó una foto que no sabía lo que era hasta que he visto las del enlace que ha puesto cloantita, porque este tiene una igual de las escamas planas de una mariposa y con la misma calidad prácticamente y la hizo con el PHOTAR. Os pongo un par de enlaces para que sigáis flipando un poco con concursos de macro científico, el colega se llama David Millard y las fotos que salen primero están con el PHOTAR 25/2 que me ha vendido. Olympus BioScapes International Digital Imaging Competition | Gallery 2009 - Mr. David Millard
Nikon Small World - Gallery - Honorable Mention, 2009 - David Millard
La conclusión es que no es tan fácil como gastarse 50€ y ya está, aunque encontréis uno de los buenos de chollo,( buscar que sean planar y apo + WD(distancia de trabajo) alta) hay que hacerse con el sistema de transporte de precisión, si no como dice Charles Krebs con estas lentes una foto sóla en si no tiene más que un plano ínfimo de enfoque y quedan imágenes pobres y sin interés, esto es para hacer de 50 fotos para arriba, eso si con una calidad de flipar pues la difracción es mínima, pero con un PHOTAR trabajando en su punto dulce que es 5,6 podemos hacer un apilamiento bueno en 20X con muchas menos fotos, entre (5 y 20) que con los de microscopio. entre (50- 150).
Si os compráis un microscopio para tener el sistema de transporte preciso aseguraos que sea de doble toque, un microscopio normal tampoco vale.. Mi problema ahora va ha ser conseguir el programita para apilar. Aver si alguien sabe como conseguirlo para mac.
Saludos y feliz 2010.
Me temo que ya en poco te puedo hechar un cable, saves mas que yo de objetivos opticos ...., me especialice en electronidos y en opticos toco de oida.
En cuanto al soft de apilar. No se ahora ninguno que te sirva, pero en cuanto llegue al curro te hago alguna gestión para averiguar alguno util. Un copañero trabaja con perfilometros opticos y se que los usan, espero que sean libres o baratos (en ciencia nada lo es ....).
Ahora mientras escribo recuerdo que hay paquertes de software bastante completos que casi seguro tendran aplicaiones de suma de imegenes .... (apilar). Dale un vistazo a Image Pro Plus, de Mediacibernetics".
Animo.
Por cierto el maontaje y las fotos de los enlaces una pasada. Dan ganas de montarse el laboratorio en casa. Joder que gusto ver las escamas de la pariposas.... y asi. Pro un momento me quede helado por la profundidad de campo, antes de ver que heran apiladas ...
CANON 7D+grip, Sigma 18-250 DC OS HSM, Canon 50 1.8II, Canon 70-300 IS USM, Sigma 150 EX DG HSM APO, obj manuales 50-28 y 100 macro. Un mundo de cachivaches
Usus est magister optimus
Por cierto.
Hay un programa, ImageJ que usamos para analisis de imagen y que se que tambien usan en biologia y que quiza tenga plugins de apilamiento. Esta tambien para MAC y es libre por lo que es probable que algien halla hecho un plugin ...
Suerte
CANON 7D+grip, Sigma 18-250 DC OS HSM, Canon 50 1.8II, Canon 70-300 IS USM, Sigma 150 EX DG HSM APO, obj manuales 50-28 y 100 macro. Un mundo de cachivaches
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MBF_ImageJ - Home
En este manual online, sección 9. Si no entiendo mal dice como apilar.
9 Stack-slice manipulations
9.1 Slice shuffling/removing/Adding
Once imported, the slices in each stack can be manipulated in many ways. See images below for explanation of some of these functions
Deleting single slice: “Image/Stacks/Delete Slice”
Deleting a number of slices: “Plugins/Stacks - Reducing/Slice remover ”
Select the slices to remove: “Plugins/Stacks- Reducing/Substack maker ”
Montage: Image/Stack/montage… Many settings are self explanatory. Ideal for generating a montage of a stack for a lab book.Stack to images/Images to stack: “Image/Stacks/Stack to images” (Images to Stack…).
“Images to Stack” requires images to be the same size “Plugins/Stack – building/Stack Builder” works on images of different sizes. The sequence in the stack is determined by the order in which they were opened/created.
Reversing stack: “Plugins/Stacks – Stack Shuffling/Stack reverser”
Concatenate: “Plugins/Stacks – Building/Concatenator”
Stack Combine: “Plugins/Stacks – Building/Stack Combiner ”
(De)Interleave: “Plugins/Stacks – Shuffling/DeInterleave”and “/Interleave ”
Stack Inserter: “Plugins/Stacks – Building/Stack Inserter”
Stack Sorter: “Plugins/Stacks – Shuffling/Stack Sorter ”. Control the position of individual slices or groups of slice. Advanced “Insert” functionality.
9.2 Stack dimension manipulations
Images and stacks can be resized and rotated with native functions or the more sophisticated TransformJ set of plugins from Erik Meijering. These are found in the “Plugins/TransformJ ” menu list.
E. H. W. Meijering, W. J. Niessen, M. A. Viergever, Quantitative Evaluation of Convolution-Based Methods for Medical Image Interpolation, Medical Image Analysis, vol. 5, no. 2, June 2001, pp. 111-126.
More details can be found on this web-site: TransformJ
Spatial calibrations are lost so see the section on how to copy calibrations from one image to another with scaling (12.1.1.1)
9.3 Zoomify plugin
This plugin will generate a movie sequence so that the first frame includes the whole image and the last is the user defined ROI at 100%. The first slice image is the whole of the original image, scaled so that it fits in to the framesize of the ROI, the intermediate images as progressively scaled so that the last frame is 100%. The scale factor is noted as the label slice in the stack.
The user selects an ROI which will become the final frame and is prompted to enter the desire number of frames in the movie.
9.4 Align slices in stack
The plugin "Plugins/Stacks - shuffling/Align Slices" is the StackReg (plus TurboReg) plugins from bundled. The plugin takes a stack with misaligned slices and aligns the slices with respect to the current slice. Open stack, scroll to the most centred slice and run the plugin. "Rigid body" method seems to produce the best results for microscopy images.
Based on:
P. Thévenaz, U.E. Ruttimann, M. Unser, "A Pyramid Approach to Subpixel Registration Based on Intensity," IEEE Transactions on Image Processing, vol. 7, no. 1, pp. 27-41, January 1998.
Time series before alignment
After
CANON 7D+grip, Sigma 18-250 DC OS HSM, Canon 50 1.8II, Canon 70-300 IS USM, Sigma 150 EX DG HSM APO, obj manuales 50-28 y 100 macro. Un mundo de cachivaches
Segundo Dan
Gracias silva, como dice vitofrx me mueve la pasión y el interés de perfeccionar, el macro es mi asignatura pendiente desde los 15 años y ahora es el momento de hacer cosas.silva constantino Jotafoto: me quito el sombrero por todo lo que estas haciendo.
Feliz.2010.
Muchas gracias por todo vitofrx, ya tengo descargado el programa y no tengo tiempo de ver como funciona de aquí a unos días pues tengo que organizar muchas cosas para instalar el microscopio en un lugar fijo y totalmente estable, pero quiero cuanto antes probarlo con algunas apilaciones que tengo con el zuiko y el leica.
Lo que estoy pensando ahora es en como hacer las tomas de una forma automática y rápida, me voy a tener que poner las pilas con el brico, pues estoy seguro que es así como lo hacen, si no es imposible hacer muchas apilaciones diferentes en una jornada. He calculado más o menos que una foto de 100 apiladas se podría hacer con una 7D en menos de 15 segundos y en ese tiempo motorizar el sistema micrométrico para que tardase ese tiempo en recorrer 1, 2, 3 mm, o los que sean para tener todas las fotos equidistantes en cuanto a foco. Eso es lo que yo creo que estos colegas se callan, aunque tengamos un sistema micrométrico, si entre 3 y 5 mm tenemos que dar 100 o más cortes, ya me diréis como hacerlo para que entre uno y otro tengamos la misma distancia sin perder una hora por lo menos en hacer los 100 disparos en su sitio, y si os fijáis en las fotos que tiene Charles Krebs, no se deja ni un plano fuera de foco, y para enlazar así hay que automatizar el proceso. A parte que lo que yo quiero es salir reflejado en cada una de las bolitas del mosquito y como comprenderéis no voy a estar una hora posando en la misma postura después de moverme entre foto y foto y también quiero que el mosquito esté vivo.
Saludos.
Segundo Dan
Respondiendo un poco a lo que comentaba cloantita, he realizado unas pruebas entre el objetivo de microscopio de marca, Leitz en este caso contra la misma marca pero en la división de fotografía PHOTAR f2.
Usus est magister optimus
Algo de automatizacion cambiando el foco para todos menos Jotafoto
DSLR Remote Pro - Focus stacking in live view
Y para Jotafoto:
Saphicon - Software and Hardware for Extended Depth of Field Imaging
Ab uno discent omnes
Hola, felices fiestas para todos primeramente.
Aqui las cosas han pasado del macro extremo a... ¡¡al descontrol de macro!! Jotafoto ya puedes aminorar la marcha, que no te sigue nadie...
Muchas gracias por los links, fotos y demas que habeis puesto, son muy interesantes. En cuanto a las comparativas de objetivos de microscopio y el photar, hay que ver el abismo que separa uno de otro. ¿A que F están hechas las fotos? Buscaré algún objetvo tipo bestia parda de estos, pero bueno sin prisa, aun quiero sacarle provecho a aumentos menores con el Canon 100 mas accesorios varios.
Un saludo y a disfrutar de lo que traegan los reyes, sea macro, super macro o... no.
Segundo Dan
Muchas gracias, no sabes las ganas que tenía de hacer estas cosas, con el programa que ha puesto vitofrx se tiene que hacer muy bien, se supone que es un programa profesional, pero me ha parecido que hay que echarle un ratico para controlarlo, a parte de mis problemas con el inglés, y el Helicon Focus me he metido y me ha sido muy fácil instalarlo y tengo 30 días para pensarme si lo quiero comprar ... o copiar
Que tal R0m@n, cuando llevo algunos días sin poner nada es que estoy tramando algo jejeje, y cada vez me lo paso mejor. Ahora el problema son los más de 1800€ que me piden por dos de los mejores objetivos que he visto en estos momentos según los enlaces que habéis puesto mas otros que me ha dado el que me vendió el PHOTAR, he encontrado uno que hace 100X con una distancia de trabajo de 4,7 mm ¡¡¡una pasada!!! pues los objetivos normales de microscopio de 100X su distancia de trabajo habitual suele rondar los 0,3 mm pero quiere el tipo 1200 leros el otro es un 20X pero con una distancia de trabajo de 20 mm y quiere más de 600€ a ver como me lo monto o a esperar que entre alguno más barato. De momento con el PHOTAR se pueden hacer muy buenos apilamientos, en mi caso a falta de momento de un sistema micrométrico para hacer todos los cortes equidistantes se nota en algunos puntos la falta de algún plano a foco, pero estoy contento, desde luego no es llegar y besar el santo, pero con paciencia se consigue. Os pongo una que hice ayer y cuando faltan planos en la continuidad de todo, esto es lo que ocurre, la que está bien la pongo en la pulidora a ver que os parece.R0m@n Hola, felices fiestas para todos primeramente.
Aqui las cosas han pasado del macro extremo a... ¡¡al descontrol de macro!! Jotafoto ya puedes aminorar la marcha, que no te sigue nadie...
Muchas gracias por los links, fotos y demas que habeis puesto, son muy interesantes. En cuanto a las comparativas de objetivos de microscopio y el photar, hay que ver el abismo que separa uno de otro. ¿A que F están hechas las fotos? Buscaré algún objetvo tipo bestia parda de estos, pero bueno sin prisa, aun quiero sacarle provecho a aumentos menores con el Canon 100 mas accesorios varios.
Un saludo y a disfrutar de lo que traegan los reyes, sea macro, super macro o... no.
El Nºf que he utilizado es f5,6 en estas tomas
Usus est magister optimus
Respecto al avance micrometrico, si quieres algo casero mira el enlace de mas abajo.
El autor dice que el riel de Manfrotto avanza 1,25 milimetros por cada vuelta de tornillo es decir un pelin mas de una decima por cada 15 grados (o una "hora" si le ponemos la esfera de un reloj)
Por los calculos que hace eso nos debe de servir a todos los que no nos planteamos pasar de 10x pero para ti no sera suficiente me imagino.
Respecto al programa, mira el CombineZ que es gratuito.
Helicon Soft Forum • View topic - Accurate slicing
Segundo Dan
Gracias garjor otra vez, pero como tu bien dices con eso no puedo trabajar, el tornillo micrométrico del episcopio que ahora os presento, aproximadamente se mueve subiendo o bajando la plataforma 0,16 mm en cada vuelta, es muy muy preciso. Casi no posteo desde ayer porque me llegó y sólo he tenido tiempo de babear un poco con las posibilidades que tiene este cacharro, pero es demasiado aumento el que consigue, tengo que hacerme con objetivos de pocos aumentos, porque la imagen se amplia muchísimo cuando haces la foto, tu estas viendo por el visor y cuando haces la foto es un quinto por lo menos de lo que se ve, resultado... una ampliación brutal. Estoy deseando tener la 7D para estar viendo en el monitor la imagen directamente y poder grabar en video. El primer problema que me he encontrado es como siempre desilusión porque la calidad que se ve por el visor es insuperable, de verdad, cuando me puse a ver el cuter con el 10X que es 150 contando con el ocular, se me saltaban las lágrimas de como se veía
El principio de su funcionamiento es opuesto al de un microscopio convencional. Yo ya había visto un sistema de visión basado en este principio hace mucho tiempo en un otorrino y aquello se veía muy bien, por lo que cuando lo vi en ebay.es no lo dudé. La cosa es que el mismo objetivo que capta la luz también sirve de foco, es curiosísimo, por eso se pueden conseguir grandes ampliaciones de objetos opacos aunque no quede espacio para iluminar entre la muestra y el objetivo, ya que la luz la pone él mismo a parte que no se pierde luz por utilizar más ampliación pues tanto es la angulación en captar la imagen como tanto es la fuente que ilumina concentrándose toda la luz ajustada a la ampliación por lo que la intensidad es siempre la misma aunque cambiemos de óptica.
Última edición por jotafoto; 11/01/10 a las 09:25:32
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