Yo tuve un problema parecido hace tiempo con dos tarjetas XD de Olympus. Al final la cámara dejó de reconocerlas y no encontré solución, lo curioso es que en el lector de tarjetas del PC funcionaban perfectamente. Por las distintas pruebas que hice, creo que el formateo mediante el lector de tarjetas las "estropeó".
Yo de tú contactaría con el ST de Canon, especialmente si la cámara está en garantía.
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Canon 400D + Canon 50mm f/1.8II + Canon EF-S 10-22mm f/3.5-4.5 USM + Canon EF-S 17-85mm f/4-5.6 USM IS + Canon 55-250mm f/4-5.6 IS
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