A ver si te puedo ayudar. Partimos de la base que tu cámara y la mía no son iguales, he buscado por google y lo he comprobado. Yo tengo la 1D Mark II N y tiene dos ranuras para tarjeta de memoria y muchas maneras de combinarlas para almacenar las tomas, así que la manera de seleccionar todo debe ser diferente.
Está claro que si al descargar la tarjeta te aparecen 2 ficheros numerados igual, pero con formato diferente, es porque no tienes dada la orden de que sólo dispare en RAW. Esos ficheros que dices grandes como JPG L deberán llamarse algo así como CR2, no? Si es así, esos son los RAW.
Lo primero que tienes que hacer es mirarte el manual, allí tienes que ver cómo configurar tu cámara. No es complicado, pero hay que saber cómo hacerlo.
Cuando estés en el Menú de la cámara y te pongas sobre la opción de modo de archivo asegúrate de seleccionar el que quieras, que a veces pasas por encima y no confirmas la orden.
Mientras tanto, a ver si aparece alguien que la tenga o la haya tenido y sepa echarte una mano.
Un saludo
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