Diría que eso las quita del catálogo pero no las borra del disco duro... aparte de que sí que pide confirmación (o me la pide a mí, vaya). El único caso en que creo que no pide confirmación es cuando la carpeta está vacía (y aun así, se puede anular con control+z... juraría).
Comprueba que la carpeta no siga en el sitio de siempre (pero míralo desde el sistema operativo). Si no es así y está en la papelera de reciclaje, restáurala con botón derecho para que regrese al lugar donde estaba. En ambos casos, una vez localizada la carpeta, re-impórtala a LR, pero probablemente hayas perdido los metadatos (palabras clave, ajustes, etc.) que no hubieras guardado en el archivo. Si tienes una copia de seguridad del catálogo, puedes hacer un mini-potaje - recuperar las fotos, abrir el catálogo anterior que conserva los ajustes, exportar esa carpeta como catálogo y luego re-importarla al catálogo actual.
En todo caso es un poco follón dar las indicaciones concretas, solo intento orientar con esta respuesta, espero que en la dirección correcta. Saludos.
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