Es una pregunta antigua, no sé si ya tiene la respuesta:
Al importar desde una tarjeta o disco duro externo en la parte de la derecha de la pantalla parece dentro del apartado "Aperture Library" una caja con un desplegables que se llama "Destination", aquí eliges donde quieres guardar las fotos
En cuanto al triángulo amarillo que te aparece en la parte inferior de las fotos es porque las imágenes que ves son una versión de los originales que se han guardado en un disco externo, interno o donde quieras tenerlos
Para unirlas, referenciarlas, maracas las fotos que estén con el triángulo, botón derecha o par pasara el menu desplegable y en la tercera linea por arriba te clics en Located referenced files
Te aparece una pantalla divida en dos partes, la superior es la imagen que quieres refrenciar y en la inferior eliges el dispositivo donde tenazas los originales, buscas la foto y clics abajo en "Reconnect" o en "Reconnect all" segUn tengas que referenciar una o varias fotos
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