Vale, a base de prueba y error he conseguido solucionar el problema.
Para lo de que after effects me corte los ultimos fotogramas del timelapse lo que he hecho ha sido importar como secuencia de imagenes en premiere y de premiere mandarlo a after effects.
Para estabilizarlo lo que he tenido ha sido que renderizar el video como timelapse sin estabilizar y luego importar el clip renderizado para después estabilizarlo y crear un nuevo clip... un lio que te cagas pero bueno..
Espero que a alguien le sirva de ayuda si le pasa!
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