Hola.
Para auto alinear imágenes puedes utilizar Hugin:
http://hugin.sourceforge.net/
No se como será desde Windows, pero si utilizas Linux puedes hacerlo desde la terminal directamente así (teniendo instalado hugin):
https://photo.stackexchange.com/ques...of-photographs
http://montessorimuddle.org/2013/06/...-sharper-view/
Supongo que también utilizando la interfaz gráfica de Hugin.
Saludos.
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