Vale, yo mismo me respondo, ya lo he encontrado jaja. Lo pongo por si alguien ha tenido el mismo problema
Cuando creas la nueva secuencia, antes de arrastar a ella la que ya tienes hecha, debes marcar o desmarcar el botón que hay justo debajo del contador de tiempo del timeline, a la izquierda del iman. (Insertar y sobreescribir las secuencias como anidamientos o como clips individuales)
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