Buenas; estás mezclando dos cosas.
Por un lado está la compensación de exposición y por otro la compensación de exposición del flash (si no me equivo). La del flash; lo que hace es que este destelle con menos intensidad o más en función de lo que selecciones. Para que salga más expuesta o menos en función de lo que busques y hayas seleccionado. Respecto a la compensación de exposición; el resultado es parecido. En función de lo que selecciones la imagen saldrá más sobreexpuesta o subexpuesta. La selección de compensación de exposición sólo está habilitada en los modos automáticos y semiautomáticos; en modo manual no podrás compensar; lo que harás tu de forma manual será darle más tiempo (o menos) de exposición; modificar la apertura o la sensibilidad (iso). Sin embargo la de flash si que vas a poder modificarla en cualquier tipo de modo siempre que uses el flash.
Sobre el cómo funciona hoy a aventurarme a contestarte; si me equivoco; seguro que algún compañero nos lo aclarará.
En la compensación del flash, le da más intensidad al destello o menos en función de lo que quieras; con lo cual compensas la exposición aportando más luz o menos. Respecto a la compensación de exposición en modos semi y automáticos; te modifica la propia cámara alguno de los parámetros automáticos para conseguir darte la exposición que buscas.
Te recomiendo que experimentes y compruebes los exif de la fotografías; para ver qué se modifica y cómo afecta a la fotografía.
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