Pues la diferencia entre ambas está en lo que dices: más megapíxels, procesador más actual y también un poco mejor en la ISO.
Yo tuve hasta hace poco la 40D y me dio muchas satisfacciones durante 2 años. Supongo que, si puedes comprar la 50D, mejor; pero si no, la 40D es una buena opción, y notarás mucho el cambio desde la 1000D.
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