Tu tienes una forma de organizar carpetas en el disco que se corresponde con lo que sabe Lightroom, y que no te gusta.
Arreglarlo es una operación quirurgica que requiere precisión.
IMPORTANTE. Haz copia del Catálogo por si has de volver atrás
Reorganizas tus carpetas en el disco desde Windows poniendolas a tu gusto. Si puedes y tienes sitio no lo hagas moviendolas sinó copiandolas para que mantengas lo anterior.
Luedo desde Lighroom seleccionas todas las fotos, le das al delete y
OJO, en el cuadro de confirmar no de les al Delete, que las borraría, sinó al Remove que sólo las quita del catálogo
Luego, desde el modulo Library, y le das a Import (abajo derecha).
Se te abre un cuadro de diálogo donde has de marcas todas tus nuevas carpetas y darle luego al Choose selected,
Se abre el cuadro de "Import photos".
Selleccionas todas las fechas y en File handing ponle "Import photos at their current location". Las importará creando su estructura de directorios, que verás en "Folders".
Esto es lo que probaría yo, pero a tu riesgo.

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Siempre copias
Otro sistema que se podría investigar es dejarlo como está y crear otro catálogo con la nueva estructura. Así podrías trabajar con una u otra hasta que lo tengas seguro.
Buena suerte.
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