Hombre para eso, si se trata de seleccionar el cielo yo primero probaría con la propia herramienta de degradado del LR, ¿No? De esa manera no se notará la "selección".
Yo acostumbro a "pintar" con LR, pero siempre con mucho cuidado, te digo mis ajustes. En "Desvanecer = 100", "Flujo = 25", "Densidad = 100". Claro que depende un poco lo que busques...
Por ejemplo aquí pinte ligeramente las nubes para darle más "Claridad". Luego, a la primera zona (primera formación rocosa) le di algo de contraste y brillo, luego acentué las zonas oscuras (sombra de las nubes en la segunda formación) subexponiendo ligeramente también con el pincel.
De todas formas, en ese aspecto Photoshop es mucho más avanzado y te permitirá trabajar mejor, como te digo depende lo que quieras hacer y el tiempo que quieras dedicarle.
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