Entiendo que es un flash manual, por lo que no deberia funcionarte poniendolo en la zapata de tu camara digital segun dices. ¿?
Lo de cambiar el orden no debería ser el problema, porque ten encuenta que desde que photoduino dice a la cámara que abra el obturador hasta que el obturador está abierto tiene que pasar el tiempo establecido por el shutterlag.

Creo que tu problema es que no estás entendiendo el uso real que tiene phtoduino con los flashes,

porque la idea no es que photoduino se encargue simplemente disparar los flashes para una foto a 1/30, es más bien que con la camara en modo BULB (obturador abierto) o con tiempos de 1 o 2 segundos y a oscuras, haces la foto exponiendo el sujeto (gotas de agua, objeto que se rompe, ...) con el flash y luego cierras el obturador.

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