Yo cuando hago ahorquillados en ráfaga y sin trípode, alineo las capas en Photoshop con la herramienta Archivos - Secuencias de comandos - Cargar archivos en pila, seleccionando la casilla "Intentar alinear automáticamente las imágenes de origen". Luego recorto el margen que ha quedado desalineado y salvo las capas indivualmente.
Ya sé que es un trabajo extra, pero el motor de alineación de imágenes de Photoshop es sencillamente espectacular; por eso lo utilizo ya que el de Photomatix deja mucho que desear...

Saludos.