Yo lo he hecho en Mac, (el cambiar de nombre a la carpeta contenedora del programa) y he vuelto a instalar la otra version (que se instala con el nombre que tenia la primera carpeta antes de renombrarla), he ejecutado las dos versiones por separado, he tocado fotos con una version y luego he abierto la otra para reducirla y pasarla a jpg y sin problemas por lo menos en las pruebas que hice ayer y repito en Mac ya que no encontré información para hacer portables programas en Mac. Os pongo como quedaría las carpetas antes y depués ANTES applicaciones/CANON/ Digital Photo Professional y dentro los ejecutables y demas DESPUES tendriamos dos carpetas dentro del directorio de CANON applicaciones/CANON/DPP 3.9.4 (esta es la carpeta anterior renombrada) y dentro lo mismo que tenia antes applicaciones/CANON/digital photo Professional (esta sería la nueva versión que instalarais en mi caso la 3.11.26) Despues de esto renombré la ultima carpeta creada por DPP 3.11.26 y saque de cada una (DPP 3.11.26 y DPP 3.9.4) los dos ejecutables al dock, quedando en el dock un icono por programa, es mas, cambié el nombre del ejecutable (antes de sacarlo al dock) a DPP3.11.26 en una y DPP 3.9.4 en la otra, así cuando te pones encima del icono en el dock sabes en que versión andas. No se si me he explicado bien

, un saludo
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