Hola, voy a ver si te puedo ayudar (si en algo me equivoco que alguien me rectifique).
Efectivamente, cuando disparas con flash, el exposimetro de la camara no se tiene en cuenta. Si disparas en E-ttl, el flash calcula segun los parametros de diafragma y velocidad la exposicion correcta para iluminar el objeto que se enfoque (puntual) o la totalidad de la escena (evaluativa). Si disparas con el flash en manual deberas de ajustar tu la exposicion en el flash (para eso hay unas reglas de calculo).
Si disparas con la camara en "M", tu pones los valores de diafragma y velocidad que quieres y la camara no te los va a mover, el flash calculara el destello que tiene que hacer para intentar iluminar correctamente la escena.
Si disparas en los modos Tv o Av, la camara te calculara el diafragma o la velocidad y el flash calculara como siempre la exposicion correcta.
Saludos
40D+Canon 24-105 L+Canon 17-85 Is+Grip Bg-e2+Speedlite 580 Ex II+Filtros+lowepro compu trekker+un monton de deudas
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