Echale un vistazo a: http://www.canonistas.com/foro/viewtopic.php?t=1092 pero no creo que puedas saltarte la estructura de las carpetas. Lo que sí puedes es decirle a tu cámara que las fotos se numeren consecutivamente mediante:
Menú de herramientas 1 > No. archivo > Continuo.
Marcadores