Una pregunta con miga. "Retocar" es un concepto muy ambiguo. Lo que hacemos muchos es revelar la foto, el equivalente digital al revelado químico. Para eso es conveniente -necesario, diría yo- seleccionar RAW como formato de salida, que es el formato en que el sensor capta la imagen. La mejor explicación de JPEG vs RAW que yo he leído está en
Understanding RAW Files Explained y te da una idea bastante clara de qué es RAW, qué es JPEG y cuándo usar uno u otro. Yo personalmente prefiero disparar en RAW porque de ese modo puedo elegir cómo revelar mi imagen en lugar de dejarle esa decisión a la propia cámara.
Para revelar, el CD de Canon trae un programa bastante bueno y gratuito llamado DPP del que puedes encontrar toneladas de información en el foro. Las otras opciones populares son Adobe Camera Raw + Photoshop, Lightroom, Aperture... Como de casi todos estos programas hay versiones de prueba de 30 días, te sugiero que las pruebes y elijas la que mejor se adapte a tu flujo de trabajo y/o bolsillo. De todos modos ya te digo que la que trae Canon es gratuita y, si se sabe usar, saca lo mejor de tus RAW.
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