Pues que yo sepa sólo puedes renombrar ficheros (de forma automática con casi cualquier aplicación) o tener nombres duplicados.
Pero aunque lo más lógico como dices sería haber ampliado a 99.999 (o más), no creo que tampoco sea ningún problema. Normalmente las fotos las tienes en subcarpetas por temas, sesiones, etc... dudo que en una misma carpeta tengas dos ficheros con el mismo nombre.
Sería bueno que en la propia cámara se puedise configurar un patrón de numeración al igual que lo permiten los software de importación de fotos (Adobe Bridge, el de Canon, ACDSee, el propio Windows...).
Saludos


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