Hola pompitorres,
Lagalita, te lo ha dicho muy bien.
El flash de relleno es para rellenar con luz un primer plano que va a salir oscuro. Porque el fondo esta muy claro en lo que llamamos un contraluz.
Lo normal en modo automatico es activar el flash y ya esta.
En manual, que es preferrible ya que controlas mejor como va a salir la foto, pones la apertura y velocidad para el fondo y activas el flash en automatico para que el mismo controle la cantidad de luz.
(Ojo, con la velocidad, si pones algo como 1/2000s puedes que ni le des
tiempo a captar la luz del flash. Pero por debajo de 1/60s no hay problema)
El flash rebotado como te dice lagalita estos flash suelen tener una pantallita que se extende. Pero tambien puedes sacar fotos haciendo rebotar la luz de tu flash contra un techo o una pared.
(Ojo en que la pared se blanca, si es roja, de madera u otro te saldra
la foto rosada, maron, ...)
El flash directo es el de toda la vida, apuntando directamente al sujeto
a fotografiar. Es el flash que te ilumina la escena, te congela la imagen,
te equilibra los colores, te aplana las fotos y te pone los ojos rojos. 
En mi caso casi nunca utilizo el flash directo, lo hago rebotar contra
una pared o techo y alguna vez lo utilizo en directo pero lejos de la camara disparado por control remoto.
Te aconsejo que juguetees con el flash. Este permite hacer un monton de cosas y da mucho juego para hacer fotos diferentes.
Un saludo
5DIII, Canon 24-105 f/4 L IS, 70-200 f4 IS, 100-400 f/4 L IS, 40 f2.8, Sigma 50 f/1.4, EOS-M50+18-55+55-200+22mm, + adaptador EF-EFM
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